A CONTAG se organiza através de instâncias Consultivas, Deliberativas, Executivas e de Avaliação e Fiscalização. São elas o Conselho Nacional de Trabalhadores e Trabalhadoras Rurais (CNTTR), Conselho Deliberativo da CONTAG, Direção Executiva da CONTAG, Plenária da CONTAG, Coletivos Nacionais, Comissão de Ética, Escola Nacional de Formação da CONTAG (ENFOC) e Conselho Fiscal.